I slutten av januar 1973 samlet en gruppe nordiske flagginteresserte personer seg i København. Formålet var stiftelsen av en nordisk forening for flaggkunnskap, tilsvarende de foreninger som i årene før ble stiftet i Storbritannia, Nederland, Nord-Amerika, og andre steder. Christian Fogd Pedersen fra Danmark ledet stiftelsesmøtet som fant sted i lokalene til Frederiksberg kommunes hovedbibliotek. Møtelyden talte tolv dansker, seks svensker og tre nordmenn. I tillegg var det internasjonale vexillologiske samfunn representert ved nederlenderen Klas Sierksma, generalsekretær i FIAV. Friseren Sierksma holdt under møtet foredrag om det frisiske flagg. Nordmannen og juristen Atle-Grahl Madsen fortalte om sitt arbeid med å utarbeide ny norsk flagglovgivning, mens svenske Karl-Erik Weggerup snakket om Skånes flagg. Forsmalingen vedtok enstemmig å stifte Nordisk Flaggselskap og således ble 27. januar 1973 selskapets fødselsdag. Et styre ble oppnevnt og første konstituerende styremøte ble avholdt påfølgende dag.
Under den femte internasjonale vexillologikongress, avholdt i London i september 1973, ble Nordisk Flaggselskap medlem av den internasjonale sammenslutning av flaggselskaper, Fédération internationale des associations vexillologiques (FIAV). I 2003 var selskapet selv vertskap for den tjuende internasjonale vexillologikongress, da med Stockholm som kongressby.
Siden starten har NFS’ vexillologiske virksomhet vært
konsentrert rundt utgivelsen av periodika om flagg, først Nordisk Flagskrift og deretter Nordisk Flaggkontakt.
I 1975 kom selskapets første publikasjon under tittelen Nordisk Flagskrift. De første år kom skriftet ut med ett nummer årlig, deretter forsøkte man seg med to nummer pr år, uten at det ble fast. Utover 1980-tallet viste det seg vanskelig å opprettholde utgivelsen av Nordisk Flagskrift. Det skal jo ikke bare redaktører til, men også aktive bidragsytere. Flaggskriftet tok derfor pause i årene 1985 til 1990. Det fjortende og siste nummer i serien Nordisk Flagskrift utkom i 1991.
I 1984 startet Nordisk Flaggselskap bladet Nordisk Flaggkontakt, også er kjent under den danske varianttittelen Nordisk Flagkontakt. Også utgivelsen av Nordisk Flaggkontakt var de første år begrenset til ett nummer om året. Fra 1987 har skriftet utkommet med to nummer årlig, ett om våren og ett om høsten, og dette utgivelsesplanen har Flaggselskapet maktet å følge i alle år siden.
Stiftelsen av Nordisk Flaggselskap fikk oppmerksomhet i en artikkel i avisen Politiken 7. april 1973. Til høyre i bildet ses Christian Fogd Pedersen, mens Atle Grahl-Madsen til venstre viser fram selskapets flagg.